本會與其他鳥會以欣賞、研究、保育為三大宗旨。
鰲股工業區目前因1/3的農場被保留，禁止開發，短期內沒有興建的壓力(長期開發的威脅仍然存在)。
七股工業區因三隻黑面琵鷺的槍傷死亡，鬧得滿城風雨，因而解編，黑面琵鷺或許稍緩一口氣，但是比七股工業區大上十倍的濱南工業區(煉油與煉鋼廠)依然在環保署裡，虎視耽耽地想要通過環境影響評估會議。四草鹽田、魚塭被劃為工業區，經本會的極力爭取劃設保護區，終於在民國八十三年底公告設立515.1公頃的『四草野生動物保護區』。
另，高鐵開工，路線經過水雉的重要繁殖區，我們與其他保育團體合作共同推動「搶救水雉」，進而「復育水雉」，利用臺糖15公頃的土地，進行水雉棲地的營造。
一個鳥會有一種鳥要保護，已經很忙了，臺南鳥會卻要保護黑面琵鷺、水雉、反嘴鴴、高翹鴴、燕鴴、環頸雉等在臺灣特殊的鳥，壓力是非常大的，需更多民眾的參與及支持。
未來規畫： 本會關心臺南地區的自然生態，一直用行動保護野鳥及其棲地。常年自費進行水雉普查、黑面琵鷺的同步普查、四草地區的駐站解說服務。未來除生態的監測外，將透過各種環境教育的活動，讓民眾更有機會認知及體驗生態，期能啟發民眾的環境素養及行動力。
遠期的目標是：
(1)督促政府對四草野生動物保護區的經營與管理
(2)水雉棲地的營造與復育
(3)認養場域，進行環境教育。